华大智造测序平台助力国内发现首例BA.5变异株

　　5月28日，《中国疾病预防控制中心周报》网站报告了我国首例境外输入奥密克戎变异株BA.5感染者的情况。网站显示，该测序结果出自MGISEQ-200测序平台。

　　华大智造方面表示，完成国内首例BA.5变异株测序并进行序列分析的平台为MGISEQ-200RS，该平台基于DNA纳米球测序技术等多种核心技术(DNBSEQ技术)可实现靶向测序，最快能在11个小时完成从样本到数据分析(包括全基因组比对、变异信息、毒株分型分析)的全流程测序分析工作。

　　由于病毒变异株存在人类未知的随机变异，因此测序存在扩增识别失败的风险。因此，为识别并判断其为何种变异株，测序不仅要确保扩增识别正常顺利推进，还要确保测序结果需要对病毒未知的变异进行高精度识别。

　　据世卫组织新冠每周流行病学进展报告(2022年5月25日)显示，BA.2.X(合并谱系)、BA.4和BA.5的相对比例分别为94%、0.8%和1%。BA.4、BA.5和BA.2.12.1都在刺突区域和基因座S：L452具有特征性突变。

　　华大智造方面表示，通过自主研发RNA多重PCR建库测序试盒，测序平台采用了双保险引物，可以大大降低由于突变导致的扩增失败的风险，同时超短扩增子设计(180bp)，提高了在临床样本、环境样本(核酸降解风险高)的检出能力，可以从非常少量(10拷贝数)的病毒中获取全基因组数据，最大可能还原完整基因组序列。

　　在具体的测序过程中，研究人员从收集到的感染者鼻咽拭子获取新冠病毒RNA，通过新冠病毒靶向扩增后进行测序文库构建，进一步通过测序仪完成测序。针对不同的速度要求，华大智造测序仪可进一步提升数据产出速度。例如，DNBSEQ-E5RS平台使用快速测序耗材，进行SE100测序，可在3.5小时内完成从DNB加载至FASTQ文件输出的全流程，并维持与常规测序耗材相当的数据产出及数据质量。

　　对全球可追溯的新冠病毒感染分析数据显示，BA.4、BA.5和BA.2.12.1等目前引发关注的奥密克戎新分支在曾发生BA.1流行的国家传播得更快，而在BA.2流行的国家发生病例则较少。有分析认为，每个国家的疫苗接种程度也可能会同时影响这些新兴的奥密克戎的后代谱系。

　　究竟奥密克戎的变异走向如何?新分支的流行程度能否预测?这些问题目前仍缺乏相关证据，均需要更多的数据集纳和分析，因此，世卫组织多次指出应对包括BA.5在内的所有奥密克戎后代谱系进行系统追踪。

　　为此，华大智造基于DNBSEQ技术的新冠病毒靶向测序产品组合，已连续部署至超过10个新冠疫情热点地区，完成多种新冠病毒变异株的测序工作，并持续满足现有所有令人担心的变异株(VOC)和值得关注的变异株(VOI)的检测需求。