故事发生在一个太空殖民的时代，在宇宙中未知的地方有一个由12个人类殖民地组成的星际国家。人类为了生活方便制造了赛昂（机器人），但赛昂起来反抗人类，双方在血战之后停火，赛昂离开了殖民地建立自己的家园。40年的和平让人类放松了警惕，在短暂的休战期间，赛昂研制出了与人类几乎完全一样的克隆人，他们混杂在人类中间，窃取情报、窥视人类的一举一动。赛昂通过间谍瘫痪了人类的防御系统，摧毁了殖民舰队，用核武器将殖民地的城市化为灰烬。“太空堡垒卡拉狄加”是唯一一艘幸存的航母，它在舰长阿达玛的指挥下带领几十艘各式各样的民船和近5万名幸存者逃离了殖民地的行星系统，开始了寻找人类的第13个殖民地——地球——的旅程。